跳到主要内容

在极端环境中发现的一种新型病毒基因组表明RNA和DNA病毒无关组之间的重组

抽象的

背景

众所周知,病毒是地球上最丰富的生物,但它们对其集体起源和进化历史知之甚少。具有特殊的基因突变和镶嵌率,目前不能解决已知的主要病毒组的深层进化历史。Metagenomics提供了一种潜在的手段,可以建立更全面的病毒演变观,因为大量的新序列数据可用于比较分析。

结果

生物信息分析来自热,酸性湖泊的病毒偏心细胞序列揭示了编码与仅在单链RNA病毒中仅发现的主要衣壳蛋白的圆形,借调单链DNA病毒。通过从湖泊沉积物提取的天然DNA的逆PCR扩增证实了完全病毒基因组的存在和圆形构型。病毒基因组似乎是两个表面上不相关的病毒组之间的RNA-DNA重组事件的结果。检查环境序列数据库,用于以相似的构型排列的同源基因,并鉴定了来自海洋环境的三种类似推定的病毒基因组。该结果表明存在普遍但先前未检测到的病毒组。

结论

这种独特的病毒基因组对病毒出现和进化的理论带来的影响,因为尚未确定间隔RNA-DNA重组的机制,并且仅存在遗传交换在这种明显的病毒谱系之间发生瘢痕交换。

评论家

本文由ek,mk(由PF提名)审核。有关完整综合评论,请访问审稿人的意见部分。

背景

虽然已知病毒是地球上最丰富的生物,但它们的集体进化史,生物多样性和功能能力都很明显[1-3.]。尽管存在许多固有的障碍,但病毒宏基因组学正在使对环境病毒多样性进行更详细的评估成为可能,并且正在蓬勃发展成为研究病毒进化的重要工具[4.-7.]。也许对病毒进化研究的最大障碍是所有病毒中没有共同的单一系统发育标记。相反,“病毒标志基因”[8.]常被用作分类学分类和进化研究的基础。然而,病毒之间的横向基因转移使这些分析复杂化,病毒分类方案也同样受到激烈的争论[9.-12]。

已知的病毒圈由三种主要病毒类型组成;仅在复制循环中不需要DNA中间体的RNA病毒,具有基于DNA的基因组的病毒,以及需要在病毒生命周期期间将其RNA逆转转录成DNA的倒好的病毒[12]。通过多种可能的机制,病毒基因的横向交换在这些主要类型的病毒之间非常猖獗,但通常仅限于密切相关的病毒,或具有类似复制机制的病毒(和质粒)[13-20.]。尚未观察到来自RNA的最近左侧基因转移(LGT)的近似基因转移(LGT)的实例尚未观察到DNA病毒类型。

我们报告了一组环状病毒样DNA基因组的发现,它们的共同祖先似乎包含了以前只在RNA病毒中知道的衣壳蛋白(CP)基因。RNA病毒顺反子整合到DNA病毒中的机制以及整合发生的时间点尚不清楚。同源病毒蛋白之间相对较低的序列差异表明重组事件发生的时间相对较晚。此外,它还表明,通过利用迄今未知的机制,通过从种类极为不同的病毒中横向交换功能和结构模块,可能出现全新的病毒类型。

结果和讨论

分析和概述

使用梅泰族学方法来研究位于美国Lassen火山国家公园的沸腾泉水湖(BSL)的病毒多样性。BSL是一种酸性的高温湖泊(在52℃和95℃之间,具有约2.5的pH值,其维持由新颖的微生物生态系统Archaea,细菌和几种单细胞真核生物(2122]。

从BSL获得的病毒尺寸颗粒的单个偏见性DNA序列的初步分析表明存在与柔软的霉菌感染有关的病毒衣壳蛋白(CP)基因硬噻吩宏观孢子 -(SmV-A)和plasmopara halstedii-甲型(PhV-A)病毒[2324]。SMV-A和PHV-A是未分类的线性,编码类似于植物感染的衣壳蛋白的多党SSRNA病毒Tombusviridae(24]。然后将BSL缩放序列组装成Contigs,令人惊讶的是,与圆形SSDNA最密切相关的推定滚动圆圈复制酶蛋白(REP)基因即圆环REP位于SSRNA病毒样CP基因的上游。

随后在CP开口读取框架(ORF)内通过反相PCR从天然BSL DNA样品中从天然BSL DNA样品中扩增完整的循环基因组。选择天然BSL DNA模板的反相PCR,其未用于均衡测序,并没有用φ29聚合酶预先扩增,以便在样品制备或序列组件期间排除杂散斜倚的可能性。进行克隆病毒基因组的Sanger测序以确认原始的偏心序列,以验证圆形度,并允许ORF预测。

PC和REP的预测开放阅读帧的翻译用作搜索查询序列,用于从公开可用的序列数据库中编译一组相关病毒基因。使用搜索输出序列的子集建立推定的CP和REP蛋白的个体文学。通过用溶解的晶体结构将ORF翻译穿线ORF转换来预测用于REP和CP的推定的叔蛋白结构。

结果

由于新型BSL病毒基因组遗留到SSRNA和SSDNA病毒同源,因此在本文中将被临时称为“RNA-DNA杂交病毒”,缩写为“RDHV”。虽然BSL RDHV基因组是圆形的,但基因组的尺寸大致增加了典型的循环血管病毒,并且ORFS以罕见的定向排列(图1)。BSL RDHV REP含有N-末端轧制圆形复制酶内切核酸酶(RCRE)结构域(PF02407)[25]和c末端超家族3 RNA解旋酶(S3H)结构域(PF00910),这两种结构域都在环状病毒Reps中发现[26]。在BSL RDHV和猪循环血管病毒中发现代表上游的基因状区域中的高度保守的DNA茎环[27)(图1 b)。然而,CP基因与小二十面体单方(+)ssRNA tombusvirus (PF00729)相似。

图1
图1

BSL RDHV基因组的组织。(一)猪圆环病毒(PCV)基因组示意图:Tombusviruses是线性SSRNA病毒,BSL RDHV和PCV是圆形SSDNA病毒。ORF下方的条形表示由Transocan检测到的蛋白质家族。(b)PCV-1和BSL RDHV阀杆环路的比较:BSL RDHV和循环血管术均在代表上游的代际区域中具有保守的茎环。黑色文本表示序列标识。盒装13NT环中的非核苷酸复制起源。支架指示六聚体的9个核苷酸茎重复H1和H2(灰色盒子)。

BLAST搜索和系统发育分析表明,BSL RDHV REP与胃动脉公司比其他病毒或质粒更密切相关(图 23A)。氨基酸序列比对表明RCRE和S3H REP域中的显着守恒(图4.)。N末端RCRE结构域含有保守的主题I,II和III。推定的α3-螺旋含有MOTIF III(YXXK)活性位点酪氨酸[28.-31.]。S3H结构域还包含保守的Walker-A、Walker-B、B '和C基序[32.-35.]。这些分析,结合基因组的圆形和在Rep前存在环状病毒样DNA干环,表明BSL分离物是环状病毒样实体[26]并暗示包装的基因组由SSDNA组成。

图2.
figure2

用于Rep氨基酸序列的BLASTP数据。利用BLASTp对BSL RDHV Rep ORF序列与相关Rep序列进行比较。输出参数显示。如有可能,将指示病毒族名称。(GOS)全球海洋调查配对端读脚手架10666和6801。(PCV2)猪圆环病毒-2,(StCV)椋鸟圆环病毒,(DfCyV)蜻蜓圆环病毒。香蕉束顶病毒(SCSV),地下三叶草特技病毒。番茄伪卷顶病毒(TPCTV),辣根卷顶病毒(HrCTV)。

图3.
图3

滚动循环复制酶(Rep)和衣壳蛋白(CP)的系统发育(一)使用邻近连接方法从204个保守的氨基酸位置推断出Rep蛋白系统。基于1000次重复,在分支旁边显示60%重要阈值的引导值。纳诺维岛:(SCSV)地下三叶草特技病毒,(BBTV)香蕉束顶病毒。即圆环:(DfCyV)蜻蜓圆环病毒,(BatCV)蝙蝠圆环病毒,(StCV)椋鸟圆环病毒,(PCV2)猪圆环病毒-2。(GOS)全球海洋调查配对端读脚手架6801和10666。(b)使用邻近接合方法从256个保守的氨基酸位置推断出衣壳蛋白(CP)。基于1000次重复,在分支旁边显示60%重要阈值的引导值。Tombusviridae:Dianthoviruses;(RCNMV)红三叶草坏死马赛克病毒,(CRSV)康乃馨ringspot病毒。Aureusviruses:(CLSV)黄瓜叶斑病病毒,(PLV)Pothos潜伏病毒。Tombusviruses;(AMCV)Artichoke斑驳的皱纹病毒,(TBSV)番茄浓密的术,(Harv)Havel River Tombusvirus。非保密Tombusviridae;(PLPV)Pelargonium线图案病毒。carmoviruses;(MNSV)甜瓜坏死斑点病毒,(SGCV)仙人掌仙人掌病毒,(CMTV)康乃馨病毒,(TCV)萝卜裂解病毒。venavirus;(OCSV)燕麦氯化特技病毒。Nodaviridae样:(SmV-A)其macrospora病毒(PhV-A)Plasmopara halstedii.病毒。(GOS)全球海洋调查对端读序列10665。有可用结构的病毒蛋白质列在蛋白质数据库(PDB)的识别代码后的病毒缩写。

图4.
装具

滚动循环复制酶(Rep)氨基酸多序列比对。BSL RDHV REP ORF序列(BSL_REP_ORF)与使用PSI-BLAST搜索从NCBI检索的密切相关序列对齐。使用Clustalw设置为Mega V.5中的默认参数来执行序列对准。盒子核酸酶域图域I,II和III和Superfamily-3 Helicase域Walker是盒装和标记的P圈NTPAse(W-A P-Loop),Walker B(W-B),B'和C图案。REP核酸酶(RCRE)和超小心-3螺旋酶(S3H旋光酶)结构域由序列对准之上的嵌段箭头表示。一个ClustalW配色方案应用于使用Jalview的多重对齐。在序列名称之后示出了对准中使用的氨基酸残基的范围。(GOS)全球海洋测量配对末端读取脚手架10666和6801。即圆环:(pcv2)猪圆环血清血管-2,(stcv)椋鸟圆环病毒,(batcv)蝙蝠胃肠病毒,(dfcyv)蜻蜓圈术。纳诺维岛:(BBTV)香蕉束顶病毒(SCSV)地下三叶草特技病毒。

BLAST搜索和系统发育分析表明,BSL RDHV胶囊蛋白与SSRNA病毒的CPS,具有多重体基因组(SMV-A和PHV-A)和单氨基颗粒SSRNATombusviridae,除了在ssDNA环状病毒、植物感染的纳米病毒和双病毒中发现的衣壳蛋白,这些病毒也编码Rep(图3B.5.)。SMV-A和PHV-A病毒分类为脱盐的Noda样病毒。该评估主要基于RNA依赖性RNA-聚合酶(RDRP)序列,而不是CP [36.,显然是从一种类似汤姆斯病毒的祖先那里获得的[24]。作为甜瓜坏死的斑点病毒和几个其他墓穴被用过真菌载体感染的植物被运输,这可能是一种感染粪便粪便霉菌的多头子SMV-A和PHV-A掺入了编码墓碑状的RNA转录物CP。

图5.
figure5

衣壳蛋白(CP)氨基酸序列的BLASTp数据。利用BLASTp对BSL RDHV CP ORF氨基酸序列与相关CP序列进行比较。输出参数显示。如有可能,将指示病毒族名称。(GOS)全球海洋调查(Global Ocean Survey)对端读序列10665和6800。(SmV-A)其macrospora病毒(PhV-A)Plasmopara halstedii.病毒。(Harv)Havel River Tombusvirus,(TBSV)番茄级特技病毒,(OCSV)燕麦氯化特技病毒,(MNSV)甜瓜坏死斑点病毒,(SGCV)仙人掌仙人掌病毒,(TCV)萝卜裂解病毒,(CMTV)康乃馨斑点病毒,(rcnmv)红三叶草坏死马赛克病毒,(CRSV)康乃馨繁殖病毒,(STNV)烟草坏死病毒,(SV-MWLMV)玉米白线马赛克病毒病毒(SCSV)地下三叶草特技病毒,(BBTV)Banana Bunchy Top病毒,(HRCTV)辣根卷曲的病毒,(PCV2)猪圆环毒素-2,(STCV)椋鸟昼夜活动,(DFCYV)蜻蜓环豚病毒。

一些Tombusviridae已经解决了Capsid蛋白质结构,包括SSRNA番茄级特技术(TBSV)和甜瓜坏死点(MNSV)墓病毒[37.38.]。这些结构具有由短铰链连接的特征壳(S)和投影(P)域[39.]。在s结构域之前的n端区域被称为rna相互作用区域,或R结构域。R结构域允许CP与病毒粒子内部的病毒RNA相互作用,通常被发现是非结构化的,包含基本的、与核酸相互作用的残基[37.]。在R和S结构域之间形成连接臂区域(A)形成β-环形结构,该结构将三个CP连接在VIAR中的3倍的对称轴上[40]。CLUSTALW的BSL和相关CP的多个序列对准在每个CP域区域中展示了不同的节约级别(图6.)。在这些蛋白质的S域内发现了最大程度的序列保守[41.]。的许多Tombusviridae在S域相互作用区域中还含有钙离子结合基序(DXDXXD)[42.43.被认为有助于病毒进入植物细胞细胞质的低钙环境时脱壳[44.]。用基序中的天门冬酰胺(N)取代天冬氨酸D155和D157,产生了萝卜皱纹病毒(TCV) CP的钙离子结合缺陷突变体[44.]。值得注意的是,同样的氨基酸替换也存在于BSL RDHV衣壳蛋白中(图)6.)。

图6.
figure6

衣壳蛋白(CP)氨基​​酸多序列对准BSL RDHV CP ORF序列(BSL_Cap_ORF)与从PSI-BLAST搜索中检索到的密切相关序列对齐,在MEGA v.5中使用ClustalW设置为默认参数。R、a、S、h和P域区域由序列对齐上方的块箭头表示。一个ClustalW配色方案应用于使用Jalview的多重对齐。(GOS)全球海洋调查配对端读脚手架10665。Nodaviridae样:(PHV-A)Plasmopara halstedii.病毒-A,(SMV-A)其macrospora病毒。TOMBUSVIRIDAE: Avenavirus;(OCSV)燕麦氯化特技病毒。carmoviruses;(MNSV)甜瓜坏死斑点病毒,(CMTV)康乃馨斑点病毒,(TCV)萝卜裂解病毒。Tombusvirus;(TBSV)番茄浓密的特技病毒。在序列名称之后示出了对准中使用的氨基酸残基的范围。有可用结构的病毒蛋白质列在蛋白质数据库(PDB)的识别代码后的病毒缩写。

通过将BSL RDHV序列穿线到同源溶解的结构来评估CP和REP蛋白的结构相似性。为了证实BSL RDHV CP符合S-P域配置的假设,通过使用MNSV(PDB ID:2ZAH)和TBSV(PDB ID:2TBV)CPS的已知结构来预测BSL RDHV CP结构预测(图7A)。结构预测的z分数分别为71.1和54.4 (z分数大于10表示模型高信度)。BSL RDHV衣壳蛋白的预测结构与ssRNA TBSV和MNSV tombusv的S-P结构域高度一致。S结构域是一个典型的β桶状胶卷褶皱,由9个反平行的β链和两个位于β-2 / β-3和β-4 / β-5链之间的α-螺旋组成[45.]。p域是由8个反平行的β-链组成的β-桶形结构,在铰链和p域之间有一个额外的β-转角。p域内没有α-螺旋。BSL RDHV是唯一已知的具有假定S-P结构域的DNA病毒,而这一结构域只存在于ssRNA病毒中。

图7.
figure7

BSL RDHV预测蛋白结构。(一)BSL RDHV衣壳蛋白的结构分析BSL RDHV衣壳蛋白单体ORF的预测结构覆盖在番茄浓密矮化病毒(PDB ID: 2TBV)和甜瓜坏死斑点病毒(PDB ID: 2ZAH)衣壳蛋白(后两种未显示)上。通过“Qres”维度结构拟合参数评分、BLOSUM80和百分氨基酸序列鉴定,对预测的车索RDHV衣壳进行颜色编码。(b)BSL RDHV复制酶催化芯的结构分析:预测的BSL RDHV Rep核酸酶结构域(Qres着色)通过银线连接到PCV2 Rep (PDB ID: 2HW0)上。黄色为保守的活性位点酪氨酸。

基于圆环ssDNA猪圆环病毒-2 (PCV2) Rep核酸酶结构域(PDB ID: 2HW0, Z-score = 128),对BSL Rep核酸酶和S3H区域的结构也进行了高度可信的预测[30.)(图7B.)和乳头瘤病毒E1多聚解旋酶结构域(PDB ID: 1TUE, Z-score = 68) [46.]。BSL RDHV Rep的预测核酸酶结构域包含活性位点YxxK基序在α3螺旋,类似于其他病毒的Rep [47.48.)(图7B.)。BSL RDHV Rep解旋酶结构域的预测结构能够被适当地组装在Silico.进入完整的六辐射单元(数据未显示)。

由于缺乏可检测的序列相似性,不能提出BSL RDHV ORF-3或ORF-4的功能。ORF-3和ORF-4不是TOMBUSVIRUS ORF的同源物,具有相同的指定,如图所示1

在其他环境中识别类似病毒

为了确定沸泉湖的车sl RDHV是否为特有病毒,或者它是否代表了一个更大的病毒群,我们扫描了环境序列数据库,寻找排列相似的同源CP和Rep序列。研究发现,这两种蛋白质的序列与翻译自全球海洋调查(GOS)的宏基因组DNA序列相似[49.]。BSL RDHV Rep蛋白序列与BSL RDHV Rep蛋白序列相似痢疾贾迪亚综合绩缺相样序列,可能从病毒或质粒中获得[50.] (数字 23A4.)。

在海洋环境中检测到三种候选BSL RDHV样基因组。虽然许多GOS序列与BSL RDHV CP或REP蛋白类似,但是来自GOS的两个配对末端读取支架含有类似于BSL RDHV(GOS 10665-10666和GOS的基因6800-6801; GI:142008897和GI:134313054)分别)(图 2通过6.)。GOS 6800cp序列被截短,因此不用于多对准或系统发育分析,但可用序列足以进行BLASTP比较(图 3B.5.6.)。GOS 6801 REP序列(GI:142008897 / EBA57255.1),同时类似于BSL RDHV,还含有已经在许多海洋偏见循环序列中鉴定的推定的剖视性植物NS1蛋白折叠[51.],可能表明线性(细小病毒)和圆形ssDNA病毒群之间有横向基因交换的历史。马尾藻海的猎枪序列[52.还鉴定了(GI:129569619),其含有与BSL RDHV序列类似的REP和CP的连续N和C末端片段,并且处于相同的方向(数据未示出)。这些数据强烈建议,以前未检测到的BSL RDHV样病毒在海洋环境中普遍存在,并且可能在其他环境中找到。

结论

一个解释BSL RDHV及其亲属起源的简单情景是,一个DNA环状病毒样祖细胞通过逆转录和重组从一个ssRNA病毒获得了衣壳蛋白基因。虽然负责病毒间RNA-RNA和DNA-DNA重组的机制已经被很好地描述了[53.-57.],尚未提出任何机制来解释间隔RNA-DNA重组的推断情况[58.-60.]。任何一个RNA顺反子被转化为DNA然后整合到DNA基因组的例子都可能涉及到逆转录酶(RT)机制。但是,在BSL RDHV中没有RT模块的痕迹。细胞基因组中非逆转录病毒RNA病毒基因的存在[61.-66.建议存在一些细胞机制,其允许RNA-DNA重组代替病毒衍生的RT。虽然II族内含子复古归巢现象[67.)和转座子介导的交换没有被观察到介导病毒间的侧向基因转移,这些或类似的基于宿主细胞的机制可能促进了车贴素类rdhv病毒的形成。此外,原始宿主必须同时允许环状病毒样DNA病毒和植物(或真菌)样ssRNA病毒,才能发生病毒间RNA-DNA重组。

随着更多的病毒宏基因组数据的产生和分析,可能会发现更多的RNA和DNA病毒组之间重组的证据。这些发现将突出一个有趣的可能性,即新的病毒群可以通过高度不同的病毒类型之间的重组出现。然而,由于缺乏类似的病毒间RNA-DNA重组的例子,这可能表明这种事件要么是罕见的,要么可能是古老的。

考虑到DNA病毒获取RNA传中心的重组机制是古代的重组机制的可能性,它将对病毒早期演变具有广泛的影响。随着RNA病毒被认为在DNA病毒的出现之前进化地进化地[8.68.]确定负责RNA和DNA病毒之间直接重组的机制可以有助于解决在推定的“病毒世界”时代中首先将“RNA世界”的基因掺入新生的DNA基因组中,从而进一步暗示病毒RNA世界到DNA世界过渡[68.-71.]。无论如何,BSL rdhv样病毒群的发现扩展了病毒进化的模块理论[8.72.-74.]包括比以前认为更广泛的可能性范围。

方法

宏基因组样品制备

简单地说,通过切向流过滤(TFF),在分子量截止为100 kDa的条件下,将20升车贴石沉积物中的孔隙水浓缩到30 mL。将浓缩液中的原生孔隙水与SM噬菌体缓冲液(100 mM NaCl、10 mM MgCl)交换2使用TFF至pH7.0的50 mm Tris碱,调整为pH7.0),以最终体积为30毫升。将病毒浓缩物分成两个15ml等分试样。将15毫升浓缩物中的一种离心30分钟。以3,000 x g试图去除微生物和孢子。然后将上清液进行DNase处理以去除外来的DNA。通过10%SDS和20mg / mL蛋白酶K中的处理中溶液中的病毒尺寸颗粒中断。加入1:15体积的CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)/ NaCl溶液(0.125g / ml Ctab,2M NaCl中的CTAB)消化以减少溶解的纤维素材料。在苯酚 - 氯仿 - 异戊酰胺(25:24:1)中,使用0.6体积的-20℃异丙醇从水层中沉淀出DNA。使用515 f / 1492r通用16s rRNA基因引物集进行测试用于微生物DNA污染的Microbial DNA污染[75.]。测定样品的微生物污染过高,不能用于偏见测序(未显示数据)。使用上述方法在DNA提取之前,使用Minisart 200nm孔SFCA注射器(Sartorius-Stedim Biotech)过滤剩余的15mL BSL病毒浓缩物。DNA从病毒尺寸的颗粒中提取(«用φ29聚合酶扩增200nm)[76.](Genomiphi V2,GE Healthcare Life Sciences)。使用16S rRNA基因PCR测试所得DNA的微生物DNA污染,如上所述,发现几乎不含微生物DNA。将该BSL DNA样品在广泛的研究所测序,使用Roche 454 Flx钛试剂作为戈登和贝蒂摩尔基础的海洋微生物学倡议的一部分[77.]。

生物信息分析

tblastx分析[78.] 的ca。使用MG-RAST检测38万个宏基因组序列[79.]表明存在SSRNA病毒序列。使用相机中的元汇编工作流程组装Contigs [80]。

重复的末端序列显示为环状基因组。运用ϕ29聚合酶扩增来确定圆性并排除人工嵌合体形成[81.82.用ϕ29聚合酶法扩增未应用于高通量测序的BSL DNA样本的病毒全基因组。反向和正向引物(5 ' -CCTATTGGTGAGCTGTGGGTTGA-3 '和5 ' -GTATCGCGTAACTTTAAGGAAACCG-3 ')扩增完整的环状基因组。反PCR引物的延伸来源于衣壳蛋白ORF。用Phire聚合酶(Finnzymes)[98°C, 30秒]扩增4089核苷酸病毒基因组。初始变性,随后是8个周期的着陆阶段;98°C, 5秒。变性,72°C到65°C, 5秒。退火降低1°C/循环,72°C延长1.5分钟。然后是25个周期的放大;98°C, 5秒。 denaturation, 65°C, 5 sec. annealing, 72°C, 1.5 min. extension, followed by a final 72°C extension for 3 min.] The whole-genome PCR product was cloned into pCR-TOPO-Blunt (Invitrogen) using the manufacturer’s instructions. Plasmid DNA was used for Sanger sequencing. The BSL RDHV genome sequence has been submitted to GenBank: accession number JN900499.

高度保守的DNA茎环(图1 b)通过在70°C下应用默认设置,使用MFOLD V4.6核酸折叠和杂交Web服务器检测到BSL RDHV基因组中[83.]。使用Mold、Protozoan和Coelentrate密码子表预测orf,通过NCBI nr/nt和env数据库的两次PSI-BLAST搜索迭代,使用默认参数(阈值= 0.005)检索相关病毒序列。不相关的Microviridae人工选择Rep序列进行比较。CP和Rep ORFs与选择的序列进行比较,使用BLASTp编制BLASTp表(图25.)。

将542个氨基酸的BSL RDHV衣壳蛋白ORF序列与MEGA v.5中使用默认参数的ClustalW从PSI-BLAST搜索中检索到的密切相关序列进行比对[84.](双线对齐:间隙拉开罚= 10,间隙扩大罚= 0.1。多重对齐:间隙张开惩罚= 10,间隙扩展惩罚= 0.2。蛋白质重量矩阵= Gonnet。延迟发散截止= 30%),然后手工细化。系统发育树采用Neighbor-Joining方法进行推断[85.]通过使用1000 repicate应用引导测试[86.]。使用与CP对准中的相同的参数制备418个氨基酸复制酶ORF序列比定和系统发育树。使用jalview准备CP和REP Clustalw多序列对齐数字[87.]。

使用Transocan分析每个ORF [88.89.]在每个ORF内定位保守的蛋白质结构域。首先通过使用CPH模型服务器穿线来预测三级蛋白质结构[90.],它自动选择适当的溶解的蛋白质结构作为支架。使用eSypred3d确认和精制结构预测[91.],通过手动进入蛋白质数据库(PDB)结构支架。将BSL病毒蛋白的结构预测与MultiSeSQ应用程序进行比较以解决晶体结构[92.在VMD中[93.] (数字 7A7B.)。

作者的信息

审稿人的报告

评论家的报告1:Eugene Koonin博士(美国生物技术信息中心)

这是一个真正令人兴奋的论文,报道了一种完全意外的实体的发现,是与圆锥病毒相关的SSDNA病毒之间的表观杂交和与墓象病毒相关的RNA病毒。这一发现对两个层面非常兴趣。首先,了解我的知识,在RNA和DNA病毒之间这样的嵌合体 - 不仅仅是这些特定的家庭,而且一般 - 从未观察过。当然,在病毒世界中有许多混合和匹配的例子,但以某种方式迄今为止被限制在相同类型的核酸。其次,这项工作突出了病毒学中发现的新途径 - 偏见性路径。这实际上是一个钓鱼探险,其所有优点和缺点。主要优势是能够发现即使在低丰富的情况下发现的所有内容,而不需要艰苦的病毒和宿主的病毒和宿主的程序。但是,这里也是梅蛋白的严重限制:宿主也不是严格来说,病毒被确定为常规的微生物学和病毒学标准。在任何一种情况下,但大多数特别是当发现奇异的奇美拉时,表现出令人信服的序列确实是病毒基因组而不是一些装配人工制品或嵌合克隆至关重要。我认为这在本文中以令人满意的方式在独立的环境样本中的反相PCR完成。 So I believe this is a real virus. Moreover, it is remarkable that the closest homologues of both the Rep protein and the capsid protein were detected in other metagenomic samples, those from the GOS. It is extremely intriguing whether these represent the same kind of chimeric genomes or the proposed RNA-DNA recombination event is relatively recent, and these neighbors are the closest relatives from the respective families of RNA and DNA viruses. With the genome of BSL-RDHV released, this should not be too hard to test. In a more general plane, one cannot help wondering how many of such unexpected wonders of the virus world await in all kinds of environments, and more practically, are the criteria for recognizing a new virus are going to change any time soon.

我有一些小问题与论文。 - 标题可能被解释为一个有点误导,因为“进化链接”似乎暗示了从SSDNA病毒从SSRNA病毒演变或反之亦然。我建议在标题本身中提出嵌合基因组。

作者的回应:标题已修改。

  • 我对建筑树木的方法('粗加工丛林)的方法感到惊讶3.。为什么使用这种粗糙的方法,而不是常规的最大似然方法(RaxML),甚至可能是贝叶斯方法?我并不期望结果会有显著的变化,但这种新病毒很有趣,也很不寻常,因此需要投入合理的努力使系统发育分析尽可能地可靠。

作者的回应本节已修订,并提出了更广泛的比对和系统发育分析(图)3.4.6.)。

  • 我发现强调BSL-RDHV显然是圆形SSDNA病毒之间的基因组组织的相似性,并且SSRNA墓碑相当奇怪。与循环血管的相似性并不更加简单吗?对我来说,这看起来像辣椒蛋白蛋白质从墓碑的病毒移位的圆筒血症。

作者的回应:这一点已在全文中作了修订。然而,我们发现其基因组排列与大多数圆环病毒明显不同,因而保留了图1

评论家的报告2:Mart Krupovic博士(由Patrick Forterre博士提名)(法国Institut Masteur):

DIEMER和SteDman关于推定病毒基因组的表征,其在沸腾的泉水湖中收集的病毒样品分析过程中获得。推定的病毒基因组(BSL-RDHV)编码四种蛋白质,其中两个蛋白质与来自先前表征病毒的蛋白质共享序列相似性。其中一种蛋白质与典型的超家族II滚动圆圈复制引发蛋白质有关,其在DNA病毒和质粒中大量。尖锐地,另一个是最类似于真核icosaheadral阳性感测RNA病毒的衣壳蛋白。观察到两种关键病毒功能 - 病毒性形成和基因组复制的基因显然来自不相关的RNA和DNA病毒/复制子以形成新的嵌合病毒实体是令人兴奋的,尽管不完全新颖(见下文)。本文提出的调查结果基本上不仅对病变中的遗传多样性的理解,而且还对负责新的病毒类型的出现的潜在机制。因此,我认为本文肯定值得出版。但是,稿件的某些部分仍然可以改善如下所述。

背景:本节由五行字组成,赞扬宏基因组学在研究病毒进化中的有用性,然后是几段,类似于结果,而不是介绍。鉴于这篇论文是关于病毒进化的,背景部分可以提供一些关于病毒起源及其进化机制的当前假设的信息。这将使读者更充分地理解结果部分所呈现的发现的重要性。作者可能会发现关于这个主题的最近的评论(Koonin和Dolja, 2011;Krupovic等人,2011;Forterre和Prangishvili, 2009)。Dolja VV, Koonin EV:植物和动物病毒组的共同起源和宿主依赖的多样性。中国生物医学工程学报,2011,31(5):529 - 531。关键词:原核病毒,细菌,古病毒,基因组学,原核病毒《微生物学报》2011年第4期。Forterre P, Prangishvili D:病毒起源。 Res Microbiol 2009, 160(7):466–72.

作者的回应这一节已作了广泛的修订。

结果:I.衣壳蛋白:BSL-RDHV胶囊蛋白与RNA病毒的相似性似乎非常显着(尤其是硬孔巨孢菌病毒A的CP)。然而,相似性仅限于RNA病毒CP的结构域S和P,其仅覆盖BSL-RDHV衣壳蛋白的中心区域(残留物156-302)。BSL-RDHV为542 AA。作者能否评论BSL-RDHV CP的N-和C末端区域,这在图S1中所示的对齐中未示出?

作者的回应:我们已经修改了文本来讨论这些方面,并包括BLOSTP命中的表格和广泛的对准(数字2-6.)。

这些地区是否与数据库中的蛋白质共享序列相似度?他们预测的二级结构是什么?他们是否可能折叠成独立的功能域?这可能如何影响衣壳形成?此外,作者还应提供有关硬噻吩宏观病毒A(SMV-A)和Plasmopara Halstedii病毒A(PHV-A)的更多信息,这两种病毒与BSL-RDHV的CP共享最高序列相似性。说明他们未分类的SSRNA病毒是不够的。例如,SMV-A和PHV-A(如果已知)的主机范围是什么,这些病毒和天虫病毒之间的基因组关系是什么样的。

作者的回应本部分也进行了修订,我们希望这项工作将促进对正在研究的SmV-A和PhV-A病毒的研究,因为它们也可能为深入了解BSL rdhv样病毒基因组的形成机制提供帮助。

也许这一信息可以为我们提供一些关于BSL-RDHV起源的线索?S-P结构域组织并不是典型的二十面体(+)ssRNA病毒。关于这种CP结构在RNA病毒中有多普遍的信息将是非常有趣的。它只存在于Tombusviridae和一些未分类的病毒中吗?

作者的回应:该S-P配置仅是通过X射线晶体中的X射线晶体中已知的,并在“Carmovirus的”墓穴中的墓穴中。

从对齐(图S1)似乎S域在BSL-RDHV和TOMBUSVIRUSES之间相当保守。当BSL-RDHV CP与SMV-A和PHV-A进行比较时,是否相同的保持真实?

作者的回应:如上所述,本节已得到大幅修订。

Besides, the S-P organization is not called “double jelly-roll configuration”, as the authors state on page 5. Double jelly roll fold is found in diverse dsDNA viruses and is structurally quite different from that of the CP of tombusviruses (Krupovic and Bamford, 2008). Krupovic M, Bamford DH: Virus evolution: how far does the double beta-barrel viral lineage extend? Nat Rev Microbiol 2008, 6(12):941–8.

作者的回应:这已被纠正

此外,图中CP模型的QRES着色2A不是很有意义就可以被淘汰。

作者的回应:We find that, since the alignment does not indicate a high degree of amino acid sequence similarity in the P domain of the CP proteins, a structural assessment is warranted to better substantiate claims of interviral transfer and homology of the BSL and S-P-type CPs of tombusviruses. That the structural conguency extends over the whole structure is best displayed with a Qres score.

II。Rep蛋白:作者可以简要介绍滚动圆圈复制引发蛋白(RCR Reps)。RCR Reps包含三个保守的主题(不仅仅是有源网站Tyr):Ilyina TV,Koonin EV:引发剂蛋白中的保守序列图案,用于滚动圆形DNA复制由来自噬菌体,纽科特和古菌的不同复制品编码。核酸RES 1992,20(13):3279-85。所有三个图案都保存在BSL-RDHV吗?图S2显示了来自BSL-RDHV和PCV2的RCR Reps的核酸酶域之间的对齐(顺便说明,图例不对应于该图)。可以比较更包含的RCR Reps(并且不仅适用于核酸酶,而且对螺旋酶结构域进行比较)。

作者的回应:见修订的数字6.

另外,在Rep基因之前存在茎的事实并不一定表明在病毒赛中的BSL-RDHV基因组的单链性质(第6页,第二段)。DSDNA病毒还使用RCR Reps进行复制(例如,皮质病毒PM2)。

作者的回应:虽然不完全排除这样一种可能性,即声波测井RDHV病毒港口在病毒基因组双链,茎环结构,序列相似性PCV代表,代表结构评估所有强烈表明单链circovirus-like基因组复制周期。在能够产生病毒粒子和提取DNA进行分析之前,这一点不能得到明确的证明。在车贴车贴样本中检测ssDNA的实验正在进行中。BSL/圆环病毒与PM2 Rep之间未检测到序列相似性,BSL与PM2复制源之间也未检测到核酸序列相似性,表明BSL病毒不可能与PM2皮质病毒相关。

3树:我建议替换粗聚类树(图3.),因为这样的树不是很有意义。数字3A显示BSL-RDHV,TOMBUSVIRUSES,卫星病毒,GEMINIVIRUSES和纳米病毒的CP树。作者称,BSL-RDHV簇与墓穴病毒,“排除在SSDNA植物感染病毒中发现的衣壳蛋白质也被编码”。这些其他蛋白质没有任何一种(结构上可用的信息)具有S和P域,而关于纳米病毒CP的信息根本无法获得。因此,毫无意义地穿上可能甚至没有同源的同一树蛋白质。同样为数字3B.,显示了RCR Rep树——微病毒和圆环病毒的Rep之间的相似性仅限于核酸酶结构域的三个基段(微病毒的Rep也没有解旋酶结构域)。补充文件2 (Blast scores)和3(登录号)应合并。如果作者可以用成对的标识值补充表,这也将是有用的。

作者的回应如这已经做了。

结论:“…RNA- dna重组只是推测”:这里可能需要提到的是,最近在各种真核宿主的基因组中发现了大量的RNA病毒基因组(来自不同的科),这说明RNA- dna重组可能并不像以前认为的那样罕见。

作者的回应:已添加,请查看作者对Reviewer 3的回复。

作者指出,在共同感染期间,在SSRNA卫星病毒和循环,SSDNA Geminivirus或纳米病毒之间发生衣壳基因的横向转移[32.]“。但是,我们在ref中建议的[32.双病毒是通过从植物感染的RNA病毒中获取衣壳编码基因而产生于植物病原细菌(植物原体)的质粒,即两个不相关的DNA(质粒)和RNA(病毒)复制子发生重组,产生一种新的元件——双病毒的前身。“ssRNA卫星病毒衣壳蛋白只在大的、特征明确的双病毒科和纳米病毒科的ssDNA基因组中发现”的说法也不被支持:(i)没有证据表明纳米病毒的CP采用果冻卷折叠(即使这可能是真的),(ii)在DNA病毒中,这种折叠并不局限于双病毒,因为它也见于细小病毒和微病毒(和某些dsDNA病毒)的CP中,(iii)最重要的是,单一的果冻卷折叠在RNA基因组(12个不同的科!)的病毒中最普遍。“ssRNA卫星病毒很可能从双子病毒和纳米病毒获得衣壳蛋白”的说法是没有根据的。“卫星病毒、双子病毒和纳米病毒常常同时感染同一宿主”这一事实本身并不能证明,特别是考虑到ssRNA卫星病毒合并感染的主要伙伴是其他ssRNA病毒(带有果冻卷CPs)。

作者的回应:我们已经选择将该特定实例除去,作为间隔RNA-DNA重组的可能先例,因为Krupovic et.Al中所谓的权利要求。2009年尚未证实。我们同意果冻卷折叠本身可能源于RNA病毒,并且CP基因系统发育表明RNA卫星 - ,DNA Gemini-和纳米病毒CP中的常见血症。然而,我们发现直接和最近从RNA卫星样病毒中获得的Gemini-和纳米病毒CPS的断言。在调查果冻卷的进化轨迹并确定其在DNA病毒组中的最终起源时肯定是一种有趣的前景,这种努力超出了本报告的范围。

作者更倾向于“衣壳基因从一种ssRNA病毒转移到一种假定的RDHV家族前身的ssDNA病毒”。然而,作者能否确定RDHV祖先的起源是一种病毒而不是质粒?原则上,tombusvirus样衣壳基因的受体可能是任何一种带有环状病毒样RCR rep的复制子(例如质粒)。此外,质粒也可能是环状病毒的起源,正如我们之前指出的。

作者的回应:声波测井代表蛋白质序列相似性很小质粒代表,同时展示实质性相似circovirus-like众议员,除非有其他无特征质粒与circovirus-like代表的数据表明,它更有可能在circovirus-like基因组发生重组。虽然可以认为环状病毒最终起源于质粒,但BSL RDHV Rep、CP和其他相关蛋白之间的低水平序列差异表明,CP蛋白是由一个已经类似环状病毒的祖先最近获得的。另一种假说需要BSL和tombusvirus-like CPs的趋同进化,我们认为这是极不可能的。

结论的最后一段:在我看来,这篇论文中提出的观察表明病毒正在从rna世界向DNA世界过渡是一种夸张的说法。

作者的回应为明确起见,结论的这一节已作了修改,但我们想确认我们在这个问题上的不同意见。

然而,我当然同意调查结果“扩展了病毒演化的模块化理论,包括更广泛的可能性”。我也发现这种嵌合病毒的有趣是他们的发现如何影响我们对病毒起源的时间表的看法以及我们试图设计更高水平的病毒分类。通常假设病毒在同一时间或甚至在细胞生物之前出现,而新的病毒可能出现在当代生物圈中可能出现的可能性很少被讨论。由Koonin和Ilyina(1992)的假设建立,我们提出了GeminiviRuses可能代表一组“新”病毒[32.]。KOONIN EV,Ilyina TV:Geminivirus复制蛋白质与原核质粒滚动圆DNA复制引发剂蛋白有关。J Gen Virol 1992,73:2763-6。RDHV可能是一种更加说服的例子,以支持来自预先存在的流动遗传元素(病毒和质粒)的新型病毒组的持续出现。

作者的回应:我们非常同意您的评估。

对于高阶病毒分类,我个人赞成Capsido的视图(Krupovic和Bamford,2009,2010),根据该纲领岛建筑的决定因素是从其共同的祖先的给定病毒组中遗传的,而其他功能的遗传决定因素modules (e.g., for genome replication proteins) move relatively freely in and out of these viral genomes. In other words, the movement of functional modules occurs relative to the capsid-encoding genes. Krupovic M, Bamford DH: Does the evolution of viral polymerases reflect the origin and evolution of viruses? Nat Rev Microbiol 2009, 7(3):250. Krupovic M, Bamford DH: Order to the viral universe. J Virol 2010, 84(24):12476–9. In contrast, according to another line of thought, different functional modules in the viral genomes deserve equal weight when considering relationships between viruses: Koonin EV, Wolf YI, Nagasaki K, Dolja VV: The complexity of the virus world. Nat Rev Microbiol 2009, 7(3):250. Lawrence JG, Hatfull GF, Hendrix RW: Imbroglios of viral taxonomy: genetic exchange and failings of phenetic approaches. J Bacteriol 2002, 184(17):4891–905. Therefore, depending on the viewpoint, RDHV can be considered as a relative of tombusviruses, which had its original genome replication machinery (RdRp) replaced with a gene for RCR Rep. On the other hand, it might also be seen as a circovirus in which the ancestral CP gene was replaced by a gene from a tombusvirus. What do the authors think about classification (and affiliation to the existing viral taxa) of RDHV and other chimeric viruses, which are likely to be discovered in the future?

作者的回应:考虑这些点是非常有趣的,这评论非常感谢。首先,持续使用MetageNomics对病毒分类的当前方案有明显影响。我们只能猜测BSL RDHV病毒及其亲属对这些分类框架的影响。其次,与REP和CP模块的轨迹有关的这个问题带来了关于线性和圆形SSDNA病毒的起源的重要问题。与含RDRP的RNA病毒,BSL RDHV样基因组不太可能从含RDRP的RNA病毒中逐渐发展。然而,线性和圆形SSDNA病毒首先以这种方式从SSRNA病毒演变,首先通过对DNA转化,然后通过采集RCRE结构域(REP S3H结构域也来自RNA病毒),而不是主要通过模块化交流使出现出来肯定是一个非常值得调查的主题。

评论家的报告3:阿卡迪·穆立利安博士(美国堪萨斯州医学院大学)

Diemer和Stedman的手稿报告了这种新病毒的存在,其特征是环状单链DNA基因组和两个基因的新构型,即1。纳米病毒或环状病毒样复制蛋白,具有通常预测的dna切割和NTPase结构域和2。该胶卷衣壳蛋白与正链RNA病毒(tombusvirudae)和两种未分类的真菌RNA病毒衣壳蛋白明显相关。实验表明,来自热湖的宏基因组样本包含了完整的圆形基因组,而类似的基因组很可能存在于海洋样本中(在这种情况下,它们的圆形形式没有显示,但很可能会显示)。这是一个新奇病毒群的令人着迷的发现,表明了RNA和DNA病毒基因组之间遗传物质交换的古老行为。我完全支持这项研究的发表,但必须要求论文中一些更全面的陈述被缓和,以便更好地与证据一致。摘要:“关于它们的共同起源和进化历史知之甚少”——见下一条评论。同上。“目前不可能确定主要病毒群是独立产生的,还是它们有共同的进化史”——RNA病毒出现在DNA基因组出现之前的假设并非不合理,DNA基因组是由RNA构成的蛋白质编码基因组。这可能会证明DNA和RNA病毒基因组的起源是独立的,或者至少是在时间上是分离的。因此,第一句中的“集体”一词做了一些它可能不应该做的事情。 On the other hand, retro-transcribing viruses and RNA viruses seem to satisfy anyone's definition of two 'principal virus groups', and yet there is plenty of evidence that they have a shared evolutionary history, at least in their replication enzyme.

作者的回应这一节已作了广泛的修订。

同上,“还没有确定RNA-DNA重组的机制”——那么II组内含子的回归如何?

作者的回应:根据Mushegian和Krupovic的建议,将以下段落添加到结论部分中:“细胞基因组中的非逆转录病毒RNA病毒基因的存在[(61.-66.]建议存在一些细胞机制,其允许RNA-DNA重组代替病毒衍生的RT。虽然II族内含子复古归巢现象[(67.])和转座子介导的交换没有被观察到介导病毒间的侧向基因转移,这些或类似的基于宿主细胞的机制可能促进了车贴素类rdhv病毒的形成。”

p.5:“RNA-DNA混合病毒”(RDHV)的绰号必须取消。这是一个完全误导人的名字。作者们展示了大量的证据,证明一种环状病毒样或纳米病毒样的单链DNA基因组,过去从RNA病毒中获得了衣壳蛋白。尽管如此,它现在是一种DNA病毒。这甚至不是这种嵌合现象的第一个例子——双部病毒的BL1/BC1蛋白与植物RNA病毒的30k运动蛋白家族相似,但没有人因此称双部病毒为“DNA-RNA病毒”。梭状病毒的RNA基因组编码细胞HSP70蛋白的同源物,但这些病毒也不是RNA- dna病毒。描述性的名称,如“沸腾的春湖病毒1号”或类似的东西应该是好的。请注意,对“RDHV”的反对不是命名之争,而是旨在澄清分子记录。

作者的回应:蒙太克“RDHV”在文本中提到临时。我们觉得至少暂时保证这种新病毒基因组类型的简洁描述性名称。其他可想到的名称似乎不足以描述一种新颖的,并且可能是广泛的病毒组及其血统,并且会显着令人困惑或过于复杂(例如,“Sargasso Sea的沸腾泉水湖病毒”)。我们完全同意发现的基因组代表了DNA病毒。一旦我们确定了病毒的主机和/或结构,我们将通过ICTV提出分类学合适的名称(并让命名战争愤怒)。

P.5及更高版本:我相信,关于“RDHV”衣壳蛋白和墓病毒的进化相关性存在简单的序列相似性。我可以通过PSI-BLAST和HHPRED方法获得前者和后者之间的统计上的显着相似性。我建议作者做同样的事情。相反,我们正在读取“BSL RDHV衣壳蛋白的预测结构是由SSRNA番茄级特技(TBSV)和甜点墓穴(MNSV)墓穴中发现的S-P域双果冻辊结构一致[1213]。在基于Blosum80的三种蛋白质中,氨基酸序列中度保守[14],百分比序列标识为低(图2A)(见附图1对齐)。”这是模棱两可的:如果序列相似性/数据库搜索统计参数(与序列标识不同!)不足以建立进化上显著的相似性,那么就没有线程和结构建模的基础;如果使用了序列相似性的论点,为什么不这么说呢?

作者的回应:本节已被广泛修订并添加数字(数字2-6.)。

p。7:“最具宽松的情景”---比其他情景更加解释?

作者的回应:本节也已修改。请参阅对Krupovic的回复在线性和圆形SSDNA病毒的起源。

PP。7-8:卫星RNA病毒的几个提到似乎不合适 - 墓碑不是卫星,纸纸中讨论过真菌病毒也不讨论?

作者的回应:这些参考文献已被澄清。

PP。8-9 :(纸的最后一段)“假设RNA病毒进化之前,先前的所有DNA病毒组[33.34.,基因从RNA转移到DNA病毒的证据补充了RNA优先理论[35.]。” --- I do not understand what this means. First, if we assume that RNA viruses evolutionarily preceded all DNA virus groups, then we do have a partial answer to the question that was said to be currently impossible to answer in the Abstract (see above). Second, “to complement” more or less means to provide a missing part or an additional, compatible line of argument, correct? I am not sure what does the virus described in this study have to do with evolutionary precedence of RNA viruses over DNA viruses: surely, in order for this virus to emerge, both RNA viruses and DNA viruses have to be around already?

作者的回应:此最终段落已修改和澄清。

缩写

BSL:

煮沸的弹簧湖

CP:

衣壳蛋白

DS:

双搁浅

非政府组织:

全球海洋调查

子:

开放阅读框

PDB:

蛋白质数据库

RCRE:

滚动循环复制酶内切酶

RDRP:

RNA依赖性RNA聚合酶

代表:

复制酶

RT:

逆转录/转录酶

ss:

单链

S3H:

Superfamily-3解旋酶

TFF:

切向流过滤。

参考文献

  1. 1.

    Suttle C:水晶球。病毒圈:全球流程的地球和司机的最大生物多样性。环境微生物。2005,7:481-482。10.1111 / J.1462-2920.2005.803_11.x。

    PubMed.文章谷歌学术

  2. 2.

    海洋病毒及其生物地球化学和生态效应。自然科学,1999,399:541-548。10.1038/21119。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  3. 3。

    Rohwer F:全球噬菌体多样性。细胞。2003,113:141-10.1016/S0092-8674(03)00276-9。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  4. 4。

    Schoenfeld T,Liles M,Wommack Ke,Polson SW,Godiska R,Mead D:功能性病毒性偏心神经和下一代分子工具。趋势微生物。2010,18:20-29。10.1016 / J.Tim2009.10.001。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  5. 5。

    Kristensen DM, Mushegian AR, Dolja VV, Koonin EV:通过宏基因组学发现病毒世界的新维度。微生物学报,2010,18:11-19。10.1016 / j.tim.2009.11.003。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  6. 6。

    Hambly E,Suttle CA:噬菌体社区内的病毒圈,多样性和遗传交流。Currin微生物。2005,8:444-450。10.1016 / J.MIB.2005.06.005。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  7. 7。

    Wu D,Wu M,Halpern A,Rusch DB,Yooseph S,Frazier M,Venter JC,Eisen Ja:在标记基因系统发育树上寻找,发现和解释新的,深枝的第四个域。Plos一个。2011,6:e18011-10.1371 / journal.pone.0018011。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  8. 8。

    Koonin EV, Senkevich TG, Dolja VV:远古病毒世界与细胞进化。生物直接。2006,1:29-10.1186/1745-6150-1-29。

    PubMed.pmed中央文章谷歌学术

  9. 9。

    moreira d,lópez-garcíap:10个原因排除生命之树的病毒。NAT Rev Microbiol。2009,7:306-311。

    PubMed.CAS谷歌学术

  10. 10.

    Lopez P,Bapteste E:分子系统发育:重建森林。C r Biol。2009,332:171-182。10.1016 / J.CRVI.2008.07.003。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  11. 11.

    Lima-Mendez G,Toussaint A,Leplae R:噬菌体序列空间的分析:结构化信息的好处。病毒学。2007,365:241-249。10.1016 / J.Virol.2007.03.047。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  12. 12.

    Dolja VV, Koonin EV:植物和动物病毒组的共同起源和宿主依赖的多样性。目前的病毒学意见。2011,1:1:322-331。10.1016 / J.Coviro.2011.09.007。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  13. 13。

    关键词:原核病毒,细菌,古病毒,基因组学,原核病毒《微生物学报》2011年第3期。10.1128 / MMBR.00011-11。

    PubMed.pmed中央文章谷歌学术

  14. 14。

    Hendrix rw:噬菌体基因组学。Currin微生物。2003,6:506-511。10.1016 / J.MIB.2003.09.004。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  15. 15.

    Lefeuvre P,Lett JM,Varsani A,Martin DP:单链DNA病毒中广泛保守的重组模式。J病毒。2009,83:2697-2707。10.1128 / JVI.02152-08。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  16. 16。

    挠性病毒科:病毒粒子和基因组可塑性的一个案例研究。植物病理学杂志。2007,45:73-100。10.1146 / annurev.phyto.45.062806.094401。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  17. 17。

    Monjane Al,Van der Walt E,Varsani A,Rybicki EP,Martin DP:重组热点和宿主敏感性调节玉米条纹病毒进化期间重组的自适应值。BMC EVOL BIOL。2011,11:350-10.1186 / 1471-2148-11-350。

    PubMed.pmed中央文章谷歌学术

  18. 18。

    Park J,Lee H,Kim Mk,Kwak HR,Auh CK,Lee Ky,Kim S,Choi Hs,Lee S:韩国的烟草叶卷曲病毒的系统发育谱系以及含有序列变异的重组事件的估计。病毒Res。2011,159:124-131。10.1016 / J.Virusres.2011.04.017。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  19. 19。

    关键词:RNA-RNA重组,植物病毒,病毒复制,病毒进化植物病理学杂志,2011,49:415-443。10.1146 / annurev -发朵- 072910 - 095351。

    PubMed.文章谷歌学术

  20. 20。

    Lima-Mendez G, Toussaint A, Leplae R:噬菌体基因组空间的模块化观点:宿主和生活方式标记模块的识别。微生物学杂志。2011,32(6):749 - 754。10.1016 / j.resmic.2011.06.006。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  21. 21.

    Wilson MS, Siering PL, White CL, Hauser ME, Bartles AN:在北美最大的温泉中,新的古菌和细菌主导着稳定的微生物群落。中国微生物学杂志,2008,29(5):531 - 531。10.1007 / s00248 - 007 - 9347 - 6。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  22. 22.

    美国拉森火山国家公园酸性热液环境中原生生物的遗传多样性。中国生物医学工程学报,2006,31(5):531 - 531。10.1111 / j.1550-7408.2006.00125.x。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  23. 23.

    Yokoi T,Yamashita S,Hibi T:硬噻吩巨孢菌病毒A.病毒学的核苷酸序列和基因组组织。2003,311:394-399。10.1016 / S0042-6822(03)00183-1。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  24. 24.

    Heller-Dohmen M,Gopfert Jc,Pfannstiel J,Spring O:核苷酸序列和Plasmopara Halstedii病毒的基因组组织。Virol J 2011,8:123-10.1186 / 1743-422X-8-123。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  25. 25。

    Gorbalenya AE, Koonin EV, Wolf YI:一个新的由小DNA和RNA病毒基因组编码的ntp结合域超家族。中国进出口网。1996,262:145-148。10.1016 / 0014 - 5793 (90) 80175 - i。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  26. 26。

    Faurez F,Dory D,Grasland B,Jestin A:猪循环血管病的复制。Virol J. 2009,6:60-10.1186 / 1743-422X-6-60。

    PubMed.pmed中央文章谷歌学术

  27. 27。

    Mankertz A,Caliskan R,Hattermann K,Hillenbrand B,Kurzendoerfer P,Mueller B,Schmitt C,Steinfeldt T,Finsterbusch T:猪循环系统病毒的分子生物学:基因表达和病毒复制分析。vet microbiol。2004,98:81-88。10.1016 / J.Vetmic.2003.10.014。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  28. 28。

    Walker SL,Wondering Rs,Owens RA:腺相关病毒Rep68蛋白的突变分析:鉴定特异性内切核酸酶活性所需的关键残留物。J病毒。1997,71:2722-2730。

    PubMed.CASpmed中央谷歌学术

  29. 29。

    关键词:双胞病毒,Rep蛋白,酪氨酸,分离纯化中国国际货币基金组织。1995,377:258-262。10.1016 / 0014 - 5793(95) 01355 - 5。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  30. 30.

    Vega-Rocha S, Gronenborn B, Gronenborn AM, Campos-Olivas R:蚕豆坏死黄病毒纳米病毒主复制起始蛋白内切酶结构域的溶液结构,并与相应的双病毒和环状病毒结构进行比较。生物化学。2007,46:6201-6212。10.1021 / bi700159q。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  31. 31。

    研究了猪圆环病毒2型复制起始蛋白的结构、结构与DNA结合。结果表明,猪圆环病毒2型复制起始蛋白的结构与DNA结合具有较好的特异性。中国生物医学工程学报。2007,31(4):431 - 431。10.1016 / j.jmb.2007.01.002。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  32. 32。

    双病毒复制启动子蛋白的序列和重组分析。生物学报,2007,32:17-29。10.1007 / s12038 - 007 - 0003 - 6。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  33. 33.

    Walker SL,Ondering Rs,Owens RA:腺相关病毒的突变分析2型Rep68蛋白质Helicase主题。J病毒。1997年,71:6996-7004。

    PubMed.CASpmed中央谷歌学术

  34. 34.

    KoonineV:一种常见的核酸依赖于依核酸依赖的ATP中的一套普通保守的图案,包括参与真核DNA复制的MCM蛋白。核酸RES。1993年,21:2541-2547。10.1093 / nar / 21.11.2541。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  35. 35.

    2型腺相关病毒SF3解旋酶的晶体结构。结构。2003,11:1025-1035。10.1016 / s0969 - 2126(03) 00152 - 7。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  36. 36.

    KOONIN EV,WOLF YI,Nagasaki K,Dolja VV:皮诺纳般的病毒演变的大爆炸反应真核超级辐射。NAT Rev Microbiol。2008,6:925-939。10.1038 / nrmicro2030。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  37. 37。

    Wada Y,Tanaka H,Yamashita E,Kubo C,Ichiki-Uehara T,Nakazono-Nagaoka E,Omura T,Tsukihara T:甜瓜坏斑病毒的结构在2.8分辨率下测定。ACTA CRYSTALOGR SECT F STRUCT BIOL CRESSECAL。2008,64:8-13。10.1107 / s1744309107066481。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  38. 38。

    Hopper P,哈里森SC,Sauer Rt:番茄浓密的结构的结构。V.涂层蛋白质序列测定及其结构意义。J Mol Biol。1984,177:701-713。10.1016 / 0022-2836(84)90045-7。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  39. 39。

    Harrison SC,Olson Aj,Schutt Ce,Winkler Fk,Bricogne G:番茄级浓密的术术处为2.9分辨率。自然。1978年,276:368-373。10.1038 / 276368A0。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  40. 40.

    奥尔森AJ,Bricogne G,哈里森SC:番茄繁忙特技毒蕈族的结构。病毒粒子为2.9分辨率。J Mol Biol。1983,171:61-93。10.1016 / s0022-2836(83)80314-3。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  41. 41。

    Dolja VV,KoonineV:小型ICOSaheDral RNA植物病毒的衣壳蛋白的系统发育。J Gen Virol。1991,72(PT 7):1481-1486。

    PubMed.文章谷歌学术

  42. 42。

    Campbell JW, Clifton IJ, Greenhough TJ, Hajdu J, Harrison SC, Liddington RC, Shrive AK:通过Laue晶体学观察番茄浓密矮病毒的钙结合位点。中国生物医学工程学报,1999,15(1):1 - 5。10.1016 / 0022 - 2836 (90) 90278 - t。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  43. 43。

    吴烨,恒ch,王世,刘W,常数,林CS:DXXDXD基序在βodaVirus粒子组装中的作用和稳定性。拱病毒。2008,153:1633-1642。10.1007 / S00705-008-0150-6。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  44. 44。

    Laakso mm,Heaton La:Asp- »芜菁皱状病毒外壳蛋白钙结合位点Asn置换影响病毒在植物中的运动。病毒学杂志,1993,197:774-777。10.1006 / viro.1993.1655。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  45. 45.

    Rossmann MG, Abad-Zapatero C, Murthy MR, Liljas L, Jones TA, Strandberg B:一些小型球形植物病毒的结构比较。中国生物医学工程学报,1999,15(3):431 - 436。10.1016 / s0022 - 2836(83) 80276 - 9。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  46. 46.

    乳头瘤病毒解旋酶的x线结构与分子配对剂E2的复合物。基因开发,2004,18:1981-1996。10.1101 / gad.1220104。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  47. 47.

    Hickman AB,Ronning Dr,Kotin RM,Dyda F:病毒源的结构统一结合蛋白质:腺相关病毒批准的核酸酶域的晶体结构。Mol细胞。2002,10:327-337。10.1016 / S1097-2765(02)00592-0。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  48. 48.

    Campos-Olivas R,Louis JM,Clerot D,Gronenborn B,Gronenborn AM:复制引发剂的结构单位核酸代谢的不同方面。Proc Natl Acad Sci U S A. 2002,99:10310-10315。10.1073 / pnas.152342699。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  49. 49。

    yooser S, Sutton G, Rusch DB, Halpern AL, Williamson SJ, Remington K, Eisen JA, Heidelberg KB, Manning G, Li W,等:巫师II全球海洋采样远征:扩展蛋白质家族的宇宙。公共科学图书馆。2007,5:e16-10.1371/journal.pbio.0050016。

    PubMed.pmed中央文章谷歌学术

  50. 50.

    Gibbs MJ,Smeianov VV,Steele JL,Upcroft P,Efimov Ba:可能源于间隙重组的两种素质基因,以病毒,质粒,细菌和寄生原生动物基因组代表。mol Biol Evol。2006,23:1097-1100。10.1093 / molbev / msj122。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  51. 51.

    rosaario K, Duffy S, Breitbart M:环境宏基因组学揭示的环状病毒样基因组结构。中华流行病学杂志。2009,90:2418-2424。10.1099 / vir.0.012955-0。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  52. 52.

    Venter JC, Remington K, Heidelberg JF, Halpern AL, Rusch D, Eisen JA, Wu D, Paulsen I, Nelson KE, Nelson W, et AL:马尾藻海的环境基因组测序。科学出版社,2004:66-74。10.1126 / science.1093857。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  53. 53。

    Hendrix Rw,Smith Mc,Burns Rn,Ford Me,Hatfull GF:不同的噬菌体和Prophages之间的进化关系:世界上的所有噬菌体。Proc Natl Acad Sci U S A. 1999,96:2192-2197。10.1073 / pnas.96.5.2192。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  54. 54。

    Rokyta Dr,Burch Cl,Caudle Sb,Wichman Ha:水平基因转移和微胃肠灰度基因组的演变。J细菌。2006,188:1134-1142。10.1128 / JB.188.3.1134-1142.2006。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  55. 55。

    ZOLL J,Galama Jm,Van Kuppeveld FJ:鉴定人类耳病毒中的潜在重组断裂点。J病毒。2009,83:3379-3383。10.1128 / JVI.02529-08。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  56. 56。

    Shi Bj,Symons Rh,Palukaitis P:Cucumovirus 2b基因驱动器选择影响交叉位点的病毒间重组剂,受体RNA和选择速率。核酸RES。2008,36:1057-1071。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  57. 57.

    Tombusvirus virus: Tombusvirus virus: Tombusvirus virus: Tombusvirus: Tombusvirus: tombus病毒美国国家科学研究院学报,1994,21(4):531 - 531。10.1073 / pnas.91.9.3642。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  58. 58.

    Morse Ma,Marriott Ac,Nuttall Pa:Thogoto病毒的糖蛋白(蜱传统的正交X类病毒)与杆状病毒糖蛋白GP64有关。病毒学。1992,186:640-646。10.1016 / 0042-6822(92)90030-s。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  59. 59.

    Gibbs MJ,Weiller GF:证据表明一种植物病毒切换宿主感染脊椎动物,然后用脊椎动物感染病毒重组。Proc Natl Acad Sci U S A. 1999,96:8022-8027。10.1073 / pnas.96.14.8022。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  60. 60。

    Krupovic M,Ravantti JJ,Bamford DH:Geminiviruses:一种质粒的故事成为病毒。BMC EVOL BIOL。2009,9:112-10.1186 / 1471-2148-9-112。

    PubMed.pmed中央文章谷歌学术

  61. 61.

    Taylor DJ,Bruenn J:非逆转录病毒RNA病毒的新型真菌基因的演变。BMC BIOL。2009,7:88-10.1186 / 1741-7007-7-88。

    PubMed.pmed中央文章谷歌学术

  62. 62.

    一种非逆转录病毒RNA病毒以DNA形式存在。《自然》,1997,349:349 - 349。10.1038/36876。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  63. 63.

    Chiba S,Kondo H,Tani A,Saisho D,Sakamoto W,Kanematsu S,Suzuki N:广泛的内生化学组合序列的非逆转录病毒RNA病毒进入植物基因组。PLOS POAROG。2011,7:e1002146-10.1371 / journal.ppat.1002146。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  64. 64.

    脊椎动物基因组中的非逆转录病毒化石。病毒。2011,3:1836-1848。10.3390 / v3101836。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  65. 65。

    刘虎,傅y,江D,李克,谢j,程俊,彭y,ghabrial sa,yi x:从双链RNA病毒到真核核基因组的广泛水平基因转移。J病毒。2010,84:11876-11887。10.1128 / JVI.00955-10。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  66. 66。

    RNA病毒真核生物新基因的驯化。中国生物医学工程学报。2010,8:2-10.1186/1741-7007-8-2。

    PubMed.pmed中央文章谷歌学术

  67. 67。

    线性II组内含子rna可以在真核生物中反转录,并可能利用非同源的末端连接连接cDNA。美国国家科学研究院学报,2009,29(5):559 - 564。10.1073 / pnas.0910277106。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  68. 68。

    P: RNA世界的两个时代,以及向DNA世界的过渡:一个关于病毒和细胞的故事。中国生物医学工程学报,2005,31(3):431 - 431。10.1016 / j.biochi.2005.03.015。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  69. 69.

    逆转录酶:基因组可塑性的中介物。病毒基因。1995,11:163-179。10.1007 / BF01728656。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  70. 70.

    FORTERE P:病毒起源及其在主要进化过渡中可能的角色。病毒Res。2006,117:5-16。10.1016 / J.Virusres.2006.01.010。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  71. 71。

    Villararal LP,Witzany G:病毒是根系中的基本代理和生命之树的茎。J Worl Biol。2010年,262:698-710。10.1016 / J.JTBI.2009.10.014。

    PubMed.文章谷歌学术

  72. 72。

    BOTSTEIN D:噬菌体的模块化演化理论。Ann N Y ACAD SCI。1980,354:484-490。10.1111 / J.1749-6632.1980.TB27987.x。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  73. 73.

    Hendrix RW, Lawrence JG, Hatfull GF, Casjens S:病毒的起源和持续进化。微生物学杂志,2000,8:504-508。10.1016 / s0966 - 842 x(00) 01863 - 1。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  74. 74.

    Pedulla ml,ford me,houtz JM,Karthikeyan T,Wadsworth C,Lewis Ja,Jacobs-Sera D,Falbo J,Gross J,Pannunzio NR,等:高度马赛克分枝杆菌类药物的起源。细胞。2003,113:171-182。10.1016 / s0092-8674(03)00233-2。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  75. 75.

    列D: 16S/23S rRNA测序。细菌系统学中的核酸技术。编辑:Stackebrandt E, Goodfellow M. 1991,威利,奇切斯特,115-175。

    谷歌学术

  76. 76.

    Blanco L, Bernad A, Lázaro JM, Martín G, Garmendia C, Salas M:噬菌体phi 29 DNA聚合酶的高效合成。DNA复制的对称模式。中国生物医学工程学报。1989,264:8935-8940。

    PubMed.CAS谷歌学术

  77. 77。

    HENN MR,SULLIVAN MB,Stange-Thomann N,Osburne MS,柏林,凯利L,Yandava C,Kodira C,Zeng Q,Weiand M等:噬菌体基因组的高通量测序和注释策略分析。Plos一个。2010年,5:e9083-10.1371 / journal.pone.0009083。

    PubMed.pmed中央文章谷歌学术

  78. 78。

    Altschul SF,Madden TL,Schaffer AA,张J,Zhang Z,Miller W,Lipman DJ:Papped Blast和Psi-Blast:新一代蛋白质数据库搜索程序。核酸RES。1997年,25:3389-3402。10.1093 / nar / 25.17.3389。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  79. 79。

    Meyer F,Paarmann D,D'Souza M,Olson R,Glass Em,Kubal M,Paczian T,Rodriguez A,Stevens R,Wilke A等Al:Metagenomics Rast Server - 一种用于自动系统发育和功能分析的公共资源Metagenomes。BMC Bioinforma。2008,9:386-10.1186 / 1471-2105-9-386。

    CAS文章谷歌学术

  80. 80。

    Sun S,Chen J,Li W,Altintas I,Lin A,Peltier S,Stocks K,Allen EE,Ellisman M,Grethe J,Wooley J:社区Cyber​​ionFrasture用于高级微生物生态学研究和分析:相机资源。核酸RES。2011,39:D546-D551。10.1093 / nar / gkq1102。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  81. 81.

    Lasken Rs,Stockwell TB:多偏移扩增反应期间嵌合体形成机制。BMC Biotechnol。2007,7:19-10.1186 / 1472-6750-7-19。

    PubMed.pmed中央文章谷歌学术

  82. 82.

    Kumar G, Rech R, Kapolka K, Lavrenov K, Garnova E, Lavasani S, Deadman R, Hamilton S:使用illustra genome phi V2和HY DNA扩增试剂盒制备基因组DNA。自然方法,2007,2:An30-An32。

    谷歌学术

  83. 83。

    用于核酸折叠和杂交预测的Mfold web服务器。核酸研究,2003,31:3406-3415。10.1093 / nar / gkg595。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  84. 84。

    Tamura K,Peterson D,Peterson N,Stecher G,Nei M,Kumar S:Mega5:使用最大可能性,进化距离和最大判定方法的分子进化遗传学分析。mol Biol Evol。2011,28:2731-2739。10.1093 / Molbev / MSR121。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  85. 85.

    Saitou N,Nei M:邻居加入方法:重建系统发育树的新方法。mol Biol Evol。1987年,4:406-425。

    PubMed.CAS谷歌学术

  86. 86.

    Felsenstein J:系统发育者的置信度限制:使用自举的方法。进化。1985年,39:783-791。10.2307 / 2408678。

    文章谷歌学术

  87. 87.

    Waterhouse AM,Procter JB,Martin DM,Clamp M,Barton GJ:JALVIEW版本2-A多序列对齐编辑器和分析工作台。生物信息学。2009,25:1189-1191。10.1093 / Bioinformatics / BTP033。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  88. 88.

    Quevillon E, Silventoinen V, Pillai S, Harte N, Mulder N, Apweiler R, Lopez R: InterProScan:蛋白质结构域标识符。微生物学通报,2005,33:W116-W120。10.1093 / nar / gki442。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  89. 89。

    Finn Rd,Mistry J,Tate J,Coggill P,Heger A,Pollington Je,Gavin OL,Gunasekaran P,CercerC G,Forslund K,等:PFAM蛋白质家族数据库。核酸RES。2010,38:D211-D222。10.1093 / nar / gkp985。

    PubMed.CASpmed中央文章谷歌学术

  90. 90.

    Petersen Tn,Nielsen M,Lundegaard C,Lund O:CPHModels-3.0 - 使用结构引导序列配置文件的远程同源性建模。核酸RES。2010,38:W576-W581。10.1093 / nar / gkq535。

    PubMed.pmed中央文章谷歌学术

  91. 91。

    Lambert C, Leonard N, De Bolle X, Depiereux E: ESyPred3D:蛋白质三维结构预测。生物信息学,2002,18:1250-1256。10.1093 /生物信息学/ 18.9.1250。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

  92. 92。

    robert E, Eargle J, Wright D, Luthey-Schulten Z: MultiSeq:为进化分析统一序列和结构数据。中国生物医学工程学报,2006,22(4):529 - 531。

    文章谷歌学术

  93. 93.

    Humphrey W, Dalke A, Schulten K: VMD:视觉分子动力学。中国生物医学工程学报,1999,15(3):349 - 352。

    PubMed.CAS文章谷歌学术

下载参考

致谢和资助

我们要感谢Valerian Dolja和Susan Masta的批判阅读稿件准备提交。沸腾的泉水湖微生物天文台项目得到国家科学基金会拨款MCB0702020的支持。通过国家公园服务的研究许可获得样本(Lavo-2008-SCI-0030)。通过授予广泛的研究所,戈登和贝蒂摩尔基金会部分资助了Metagenomic测序。样品Gair4和GNX3R在广泛的研究所测序。

作者信息

隶属关系

作者

通讯作者

对应于肯尼斯·M Stedman

额外的信息

利益争夺

提交人声明他们没有竞争利益。

作者的贡献

GSD起草稿件,对车贴语RDHV数据进行调查,制作车贴语宏基因组样本,进行实验分析,制作图表。KMS进行了独立的确证分析,发起并监督了该项目,获得了所有必要的拨款、许可和资源,并编辑了手稿。所有作者在提交之前阅读并批准了稿件的最终草稿。

作者的原始提交的图像文件

权利和权限

本文由BioMed Central Ltd.授权出版。这是一篇根据知识共享署名许可(http://creativeCommons.org/licenses/by/2.0.)提供任何介质中的不受限制使用,分发和再现,所以提供了正确的工作。

重印和权限

关于这篇文章

引用这篇文章

Diemer,G.S.,Stedman,K.m.在极端环境中发现的一种新型病毒基因组在无关的RNA和DNA病毒之间的重组方案表明了重组。Biol Direct.7,13(2012)。https://doi.org/10.1186/1745-6150-745-6150-745-6150-745-6150-745-6150-745-6150-745-6150-745-6150-745-6150-745-6150-745-6150-745-6150-745-6150-7-13

下载引用

关键字

  • 非逆转录病毒RNA病毒整合
  • rna dna重组
  • 病毒宏基因组
  • 偏见
  • 病毒生态学
  • 病毒多样性
  • 病毒进化的模块理论
  • 病毒间横向基因转移
  • RNA世界
  • DNA的世界
  • 病毒的世界